zero-inflatedなシカ密度

ベイジアンクリギングネタのまたつづき。　あの後、いろいろプロットして遊んでみると、シカ密度ってば０頭/km2なところが相当多いことに気づいてしまいました。　ちなみに、plot(density(deer))ってやって実行するとこんな感じ。

2008年06月30日 | 日記 | トラックバック：0 | コメント：0

ぱくちー

私、天ぷらが食べられない程度でほとんど嫌いなものはないんですが、どうしても苦手なものがあります。

　それはパクチー。

　といいながらも、なぜかパクチーを食べに行ってきました。食べた料理はパクチー使った定番料理トムヤムクンです。んもう、スープ全体にパクチーの嫌な風味が充満してます。あのカメムシ的風味がひどすぎます。
なぜ、タイ人はこんなもの食べるんだろうか・・・

　

2008年06月29日 | 日記 | トラックバック：0 | コメント：0

ベイジアンクリギングのつづきのつづき

ベイジアンクリギングのつづきのつづき
　
　とりあえず、昨日回していた計算は無事終わっていました。初期値も相当適当だったのに・・・
　学会の時は、trapの呪いにかかり、相当あくどいこともやったものですが、びっくりするくらいサクッと終了。ま、前やったのは、パラメータも結構多かったんですけど、今回はそんなにパラメータもないので、あまり迷うこともなかったのでしょう。

　収束判定やらなんやらは、とりあえず置いといて、glm()なアプローチ、つまり空間的自己相関を無視したやつと比べてみる。
　こっちは簡単でこんな感じ。

　　res <- glm(deer~elv,family=poisson)
　　res
　


　まずは、ベイジアンクリギングのsummary()

　　　　 2.5% 25% 50% 75% 97.5%
alpha　 1.174e-01 0.837025 1.160e+00 1.583e+00 2.457e+00
beta　 -2.256e-03 -0.001132 -4.664e-04 1.622e-04 9.949e-04
tau 　 1.389e-01 0.185900 2.175e-01 2.471e-01 3.144e-01
phi 　 5.943e-01 5.192250 1.049e+01 1.523e+01 1.956e+01
sigma 3.181e+00 4.047250 4.596e+00 5.380e+00 7.200e+00


　次はglmオブジェクト

Coefficients:
(Intercept) elv
2.9423393 -0.0009634

　ベイズジアンクリギングバージョンでパラメータが下がってるのは、空間的自己相関で説明してしまう分があるということなんでしょう。
　
　じゃあ、どっちがいいモデルなの？ってなると・・・
　気持ちとしては、何かしらの情報量基準でサクッと出したいとこではありますが、多分駄目な気がする。

　なら、交差確認法で、となるんですけどglm()あたりは、サクッと組めそうな気がしますが、MCMC計算入ってくるとそうはいかないわけで。
　なぜなら、R2winbugsでwinbugsはブートできるんでけど、終わらせることは多分できんのです。
　ということは、MCMC計算終わったとしたら、また手動でR2winbugsを実行させないといけなくなるという、ﾏﾝﾄﾞｸｾな状態になるはず。

　対策として考えられるのは、winbugsがマルチスレッドに対応していないというのと複数起動が可能なことを利用して並列処理させるという方法。（ODさんはそうしているそうな）
　ただ、これもクアッドコアとか、オクタコアとかレベルのCPUで旨味が出る話で、デュオクラスだとちとお話しにならない。

　ギークな方法としては、クラスターPCでやるという方法もあるみたいですけど（L. Tierney氏のsnowパッケージでクラスタ計算を行う - RjpWiki参照のこと）、これは個人的な力量不足と、職場のマシンをそういう使い方すると怒られそう、というので無理。

　てことで、可能性としてはチコチコMCMCさせては終了させ、実行、というプログラミングする人が最も嫌うルーチンな仕事をさせないといけなくなりそう。
　む〜試行回数を何回にするかという問題はあれ、これは相当面倒くさい。

　なんか良い方法があるんだろうか。は〜攻殻機動隊のデカトンケイルが欲しい・・・

2008年06月25日 | 【統計】R | トラックバック：0 | コメント：0

ベイジアンクリギングのつづき

こないだに引き続き、ベイジアンクリギング自習の続き。
　日本語の資料はとりあえずググってみたので、google scholarで英語のやつを捜してみる・・・んですが、science directに契約していないので、とりあえずタダで見られるもの限定です。

　geobugsのマニュアル見てみると、hierarchicallyに書くやり方と、Non-hierarchicallyに書くやり方があってhierarchicallyに書くやり方をおすすめしているよう。
　つまり、クリギングの条件付き分散のパラメータをハイパーパラメータとして制御するってことのよう。
　う〜ん、となると、相当自由度高く書けるという理解でいいのか。とすると、ますます、spatial.expって有用な気がしてきた。あえて強引に使いどころを考えてみると

　　spatialなデータ　-> spatial.exp
spatio-tempralなデータ　-> car.normal

なんですかねえ。点過程解析なんかと対比しても、やっぱcar.normalって特殊な気がするしなあ。

　と、ここまで進んで、とても重要なことに気づく。

　そういえば、クリギングって何っすか？

　・・・

　というわけで、3歩進んで、5歩ほど戻って、「空間データモデリング」を読んで、クリギングの勉強してみる。
　が、内容が難しく、理解できず。行列とか出てきた時点で、思考停止するし。

　早々と、あきらめて、次は先日倒産した九天社出版のRbookを見てみる。こちらは、解説が易しいのでなんとな〜くわかってきました。

　ふむふむ、未知のポイントを既知のポイントから距離重み付けの値で推定する・・・んだと思う。

　ただですね、spatial.exp()で推定するパラメータとクリギングで推定するパラメータとの対応がイマイチわからんのですよ。

　ナゲットとかシルとかレンジとかは、結局わからんってことで良いんだろうか・・・

　

　ま、わからんことだらけなんですが、当座winbugsの書き方くらいはイメージできてきたので、早速書いてみます。

まずは、Rにはこんな感じで書く。

library(R2WinBUGS)
library(coda)

setwd("d:/【研究】シカ関連/ベイジアンクリギング")
dat<-read.csv("2006生息密度調査.csv",header=T)

deer <- as.numeric(dat$deer)
x <- as.numeric(dat$x)
y <- as.numeric(dat$y)
elv <- as.numeric(dat$elv)
n <- length(deer)

setwd("d:/Rscript")

data <- list("deer","x","y","elv","n")
parameters <- c("alpha","beta","tau","phi","sigma")
inits <- list()
inits[[1]] <- list(alpha=-13.78, beta=50, tau=0.01, phi=5.0 ,w=rep(1,times=n))
inits[[2]] <- list(alpha=-13.78, beta=100, tau=2.28, phi=4.9 ,w=rep(2,times=n))
inits[[3]] <- list(alpha=-13.78, beta=200, tau=0.001, phi=5.1 ,w=rep(3,times=n))
test <- bugs(data, inits, parameters, model.file="krig.bug", n.chains=3, n.iter=10000, n.burnin=8000, debug=T)


そして、Winbugsには、こんな感じに・・・

model {
# Likelihood
# Loop for Plot
for (i in 1:n) {
# Loop for Species
deer[i] ~ dpois(out[i])
log(out[i]) <- alpha + beta*elv[i] + w[i]
mu[i] <- 0
}

w[1:n] ~ spatial.exp(mu[],x[],y[],tau,phi,1)

# Parameters and hyper parameters

alpha ~ dnorm(0,0.001)
beta ~ dnorm(0,0.001)
tau ~ dgamma(0.001, 0.001)
phi ~ dunif(0.05, 20)

sigma <- 1/tau

}


　う〜〜ん、なんか相当適当ですが、bugsが、ガリガリ計算しているので多分大丈夫だろう。
　しばらく、見てるけれども計算は一向に終わりそうにないです・・・
　時間がかかりそうなので、結果は明日見てみようかしらん。

2008年06月23日 | 日記 | トラックバック：0 | コメント：0

ubuntuをデュアルブートで入れてみた

ザウタンのpdaxrom化、Firefox3の公開、と立て続けにイベントがあって、はたと考えてみたのですが、最近使っているアプリってほとんどクロスプラットフォームだということに気づきました。

　Firefox,Thunderbirdは言わずもがなですが、最近使ってみたQGISとかGRASSあたりもクロスプラットフォームだし、Meadowなんて、元々はEmacsだし、Rだって、当然そう。オフィスソフトはopenofficeで代替可能だし、グラフィックもGIMPがあるし。つか、Rとか、grassとか、EmacsとかはGNUプロジェクトの一環なので、元々あちらの世界の産物なんでしょうが・・・

　ま、Winbugsとか、あれとか、これとか、Win環境でしか動かないってやつもありますけど・・・ま、対策はいろいろあるし。

　てことを悶々と考えていたら、無性にlinuxを入れてみたくなってきました。つっても、Winと完全に決別することはできない・・・

　ので、XPとLinuxのデュアルブートにすることに。選んだOSは最近何かと話題性のあるubuntu。何はともあれライブCDを作って、PCの下準備。

　元々、うちのノートPCは二つのパーティションを作ってて、それぞれ20GBと30GB。うち、30GBのパーティションを管理ツール使って削除して空き容量を作りました。
　そして、ライブCD突っ込んでBIOSからCDでブート。しばらくしたら、インストール画面が出てきます。ほとんどは、地域の設定とかだけなので淡々と選んでいけばいいのですが、5番目くらいに出てくるインストール方法については、慎重に「最大の連続した空き領域を使う」の項目ををチェックします。普通にインストールしてしまうと、XPが完全になくなってしまいます。
　後は、インストール作業を待って、リブートするとOSの選択画面が現れます。そこで、ubuntuを選択。茶色ベースでアイコンが一つもないデスクトップ画面が出てきます。






　とりあえず、Firefoxのツールバーに出てきたFirefoxのアイコンをクリックしてみる。当然ネットにつながる。
　次に検索バーに日本語を入れてみる。普通に打てて漢字変換もできる。
　次にマウスで、リンクをクリック。普通にクリックできる。
　次に外付けHDDの中身をのぞいてみる。普通に見れる。

　・・・

　うお〜便利だ〜便利すぐる。普通にできてしまうでないの。なんか、アホなこと書いてると思われそうですが、心底感動しました。
　pdaxrom化で通った道とは、大違いです。

　pdaxromの時は、

　まず、日本語が入力できないので日本語入力するのに四苦八苦。
　次に無線lan接続の方法がわからず、四苦八苦
　次にパーティションを都合良く切るので四苦八苦。
　んで、アプリ入れると、いろいろと文句を言ってくるので、それで四苦八苦。
　幸いにも、デバイス関係は、整備されていたので苦労はしなかったのですが、やっぱり対応しているデバイスとか確認は必要。
　しかも、未だにデスクトップの言語は英語のままという中途半端仕様。

　それ考えると、インストールして、すぐ普通に使えるというのは、素晴らしすぎます。
　まだ、使い込んだわけではないので、今からいろいろと問題は出るかもしれないですが、今のところ大満足です。

　少なからず気づいた点としては・・・

・速度がめちゃ速い、というわけではない。XPとどっこいどっこい。
・画面が綺麗。Macまでとはいきませんが、XPのギザギザフォントと比べれば、明白です。ただ、これは好き嫌い分かれるかも。個人的には、アンチエイリアスかかりすぎでないの、という気もしますが、XPに比べれば全然マシ。
・最近のlinuxは標準でNTFSへのアクセスもサポートしているらしく、XP内のファイルを見ることもできる。

　Winネイティブな（itunesとか）アプリはxp起動して使えば良いし。将来的には最近ようやくバージョンが1.0になったwineを使うという手もあるしな。

不満といえば、4ボタン以上のマウスが3ボタンまでしか使えないってのがちょっと・・・ま、そこは設定ファイルをいぢればどうにかなりそうなので、おいおい・・・
apple lossless聞けるプレーヤーがないというのも痛いかも。これは、誰かが作ってくれるのを待つしかないか。
後は、どっち方向にカスタマイズするかという好みの問題もありそうです。軽快動作指向でいくか、見た目重視路線でいくか。う〜〜ん・・・

2008年06月22日 | 日記 | トラックバック：0 | コメント：0

雨ばかり

昨日は、マサルトンなんかも来た飲み会がありまして、ちかっと飲んでました。

　んで、今日は、いつものごとくPCいぢったり、ザウタンいぢったり。外はすっごい雨で外に出る気も起きんしな。

2008年06月21日 | 日記 | トラックバック：0 | コメント：0

ベイジアンクリギング

新たなベイズ野望を果たすべく、新しく買った「Hierarchical Modeling and Analysis for Spatial Data」をちょー斜め読み。

　併せてkuboさんとこのぎょーむ日誌をマジ読みしてたら、ベイジアンクリギングなるワードがピキーンときてしまいました。どうやらWinbugsではSpatial.expなる関数で実現できそう。実はクラーク先生本にもベイジアンクリギングって書いてあるんだけど、込み入ったことはほとんど書いてなくて、もっぱらcar.normalにご執心なわけで。というわけで、「Hierarchical Modeling and Analysis for Spatial Data」、通称「矢印本」（表紙に矢印っぽいのがたくさん書いてある。たった今命名）を頑張って読んでみる。

　が、これまた非常に読みにくいんですな。大事なところになってくると数式がでてきたり、訳のわからない数学記号が出てきたりと相当ストレスが貯まります。なので、作者のサイトにあるBugsのコードを見ることに。うん、こっちの方がどう考えてもわかりやすい。

2008年06月21日 | 【統計】R | トラックバック：0 | コメント：0

やっと言うこと聞いてくれるようになってきた

ここんとこ、付きっきりで世話してきたpdaxrom化ザウルスことザウタンですが、ようやく言うこと聞いてくれるようになってきました。
　SDのパーティションづくりも結構難儀しましたが、とりあえず完成。

　てわけで、最強のチビPCの完成です。

　改めて、なぜザウタン買っちゃたのか、D4とか流行のWindows MobileとかUMPCぢゃなくて、ザウタンなのかということを改めて考えてみると・・・

・UMPCは高い
　D4にしろ、loox Uにしろ、とりあえず10万オーバー。ガツガツ持ち歩いて壊れるリスクも高いモバイルPCにそこまでの金は出せん。ザウルスは中古だと2万以下で十分買える（ちなみに今回買ったやつはヤフオクで1万6千）。

・WMはとにかくショボい
　WMはとにかく、不安定で無駄が多いです。STDエディションは電話として使うなら許容範囲かな、とも思いますが、他のやつはいろんなツールを駆使して、やっと実用になるって感じ。表現するのが難しいんですが、OSとしての完成度が低すぎます。linuxなザウルスは、いろいろアプリも公開されてて、かつセルフコンパイルも選択肢に入れれば、なんつ〜か無限の可能性。情報が少なくなりつつあるので、最初は手間かかりますが、かかった分だけ愛着も。linuxも勉強できるし。
　頑張れば、androidだって動かせるし、ubuntuだって動かせるし・・・

・やっぱりクラムシェル
　w-zero3[es]使って感じたんですが、やっぱスライドタイプって使いにくいのです。スライドさせてキーボード出すのすら億劫になったりするし。スライドタイプにするならx02htやtreoみたいなストレート型にしてほすぃ。なんで最近スライドタイプばかりなんだろか・・・
　その点、クラムシェルってでかくはなるでしょうが、いろいろなパターンに合わせられるような気がします。

　てなこと考えてたら、理想なPC像が、もやっと出てきました。
　まず、大きさはでかくてもlooxUくらいでクラムシェル。もちろんOSはLINUX。LINUXにした分だけ、価格を下げられるので、価格帯は5,６万くらいに。スペックもubuntu動けとは言わないので、vineかpuppyくらいが動いてくれれば、完璧。

　う〜ん、どっか作ってくんないかな〜EeePCでもはっきりした低価格PC路線にもあってると思うんだけどな〜〜実績とか考えればSHARPなんだろうけど、最近WILLCOMべったり、かつMSマンセーだものな・・・

　

2008年06月17日 | 日記 | トラックバック：0 | コメント：0

明日はパーティ

日本時間で明日に、とうとうfirefox3の正式版が公開されます。
　本家サイトでは、1日のダウンロード数で世界記録に挑戦などというイベントがあってるよう。

　てか、firefoxが公開されただけで、職場でパーティはできんだろ・・・お国柄なのか。
　すでにRC版も出てて、βの時から使っている身としてはあまりありがたみを感じないんですが、正式版公開でgoogleあたりの拡張機能が正式対応してくれると助かるんだけどな〜
　bbw2chreaderとかは、早々とfirefox３に対応しないって言ってたりすんので、拡張機能の対応には結構温度差ありそう。つっても強引に入れれば、動くのもたくさんあるので、それはそれでいんだけど。

　パーティはともかく、新しいfirefoxは体感できるほどサクサク度が増しているので、これを期に是非使ってみましょう

2008年06月17日 | 日記 | トラックバック：0 | コメント：0

言うこと聞かないチビPC

ほとほと手を焼いているうちのzaurusこと、ザウタンですが、未だに言うこと聞いてくれません。
　SDのパーティション切るのに失敗して再度OSを再インストールしたのですが、また日本語が入力できなくなってしまい、終いには、ROXのアイコンもまともに表示されません。いろいろやってみて学習したことをメモ。

　pdax11v2へのバージョンアップは、pdaxii13の状態でipkg update とipkg upgradeしておくこと。いきなり、バージョンアップするとlibpngがバージョンアップされなくてshareするアプリで取り返しのつかないことになります。

　公式（？）のfeedにあるuimはなぜかanthyを認識してくれない。てことで、pdaxrom.jpにあるuim1.0.1をｲﾝｽｺすることになる。

　http://z.drun.net/packages/にあるfeedって、綴り間違えててちゃんと落としてきてくれないんだが、中の人はいつ気づいてくれるんだろう。
　

2008年06月16日 | 日記 | トラックバック：0 | コメント：0

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